Tην έντονη αντίδραση των φορέων του θαλάσσιου τουρισμού προκάλεσε η Κοινή Υπουργική Απόφαση «Όροι και προϋποθέσεις για τη διενέργεια δραστηριότητας των πλοίων κυρίως στην ανοιχτή θάλασσα για σκοπούς χορήγησης απαλλαγών από το φόρο προστιθέμενης αξίας» ζητώντας την μη εφαρμογή της ειδάλλως, όπως προειδοποίησαν, θα υποστείλουν την ελληνική σημαία από τα επαγγελματικά τουριστικά σκάφη με αποτέλεσμα χιλιάδες έλληνες – μέλη των πληρωμάτων να μείνουν χωρίς δουλειά με άμεσο αντίκτυπο και στα ασφαλιστικά ταμεία καθώς θα χαθούν οι εισφορές.
Το θέμα των επιπτώσεων στις δραστηριότητες του θαλάσσιου τουρισμού από την εφαρμογή της ΚΥΑ συζητήθηκε το πρωί της Πέμπτης σε κοινή συνεδρίαση όλων των επαγγελματικών φορέων που εμπλέκονται με τον θαλάσσιο τουρισμό. Όπως επισημάνθηκε ουσιαστικά η κυβέρνηση τους αιφνιδίασε ενώ άγνοια δήλωσαν πως είχαν για το συγκεκριμένο θέμα και οι τομεάρχες Ναυτιλίας των πολιτικών κομμάτων.
Επιπλέον τονίστηκε πως στόχος της κυβέρνησης είναι καθαρά εισπρακτικός και όχι να συνδράμει στην ανάπτυξη του κλάδου.
Σε συνέντευξη Τύπου που παραχώρησαν μετά τη συνεδρίαση η πρόεδρος του Σωματείου Ιδιοκτητών Τουριστικών Επαγγελματικών Σκαφών Άνευ Πληρώματος κυρία Ελένη Βρυώνη και ο πρόεδρος της Ένωσης Πλοιοκτητών Ελληνικών Σκαφών Τουρισμού (ΕΠΕΣΤ) κ. Αντώνης Στελλιάτος επισημάνθηκε πως με την συγκεκριμένη ΚΥΑ μπαίνει «ταφόπλακα» στον κλάδο.
Σε ανακοίνωση που εξέδωσαν χαρακτηρίζουν την απόφαση ως «καταστροφική» και προσθέτουν ότι: «Ο κύριος προβληματισμός των επαγγελματιών είναι ότι η αναφερόμενη ΚΥΑ, με το πρόσχημα της εφαρμογής μίας Κοινοτικής Οδηγίας, χωρίς να λάβει υπόψη της την πολυνησιακή γεωμορφολογική ιδιαιτερότητα που μοναδικά έχει η Ελλάδα ξαφνικά ουσιαστικά επιβάλει ΦΠΑ 24% στις αγορές σκαφών που μέχρι σήμερα απαλλασσόταν, και επιβαρύνει υπέρμετρα τον ΦΠΑ επί όλων των υπηρεσιών που παρέχονται στα σκάφη, που είχαν απαλλαγές, ενώ δεν προηγήθηκε διαβούλευση με τους φορείς.»
Επιπλέον οι φορείς του θαλάσσιου τουρισμού αναφερόμενοι στις επιπτώσεις από την εφαρμογή της ΚΥΑ είπαν ότι θα φύγουν τα σκάφη σε άλλες σημαίες και σε άλλες όμορες και γειτονικές χώρες (Τουρκία, Αλβανία, Κροατία, Ιταλία και Μαυροβούνιο), και εξ΄ αυτού του αποτελέσματος:
1) θα μειωθεί δραματικά η δραστηριότητα ναυπηγήσεων, αγορών και αντικαταστάσεων σκαφών, με αποτέλεσμα ο υπό Ελληνική σημαία στόλος να καταστεί υπέργηρος και μη ανταγωνιστικός
2) θα αυξηθεί σημαντικά το κόστος της χρεούμενης ναύλωσης, με αποτέλεσμα να καταστούμε μη ανταγωνιστικοί
3) θα επιβαρυνθεί το κόστος της ολοκλήρωσης των ήδη προγραμματισμένων αγορών σκαφών (πρόσθεση κόστους ΦΠΑ)
4) θα χαθούν πάρα πολλές θέσεις εργασίας πληρωμάτων, λόγω φυγής των σκαφών ή αλλαγής σημαίας
5) θα μειωθούν δραματικά οι ασφαλιστικές εισφορές στο ΝΑΤ και άλλα ταμεία
6) θα απωλεσθούν οι δραστηριότητες των ναυπηγο επισκευασκευαστικών βάσεων – ιδίως του Περάματος – που καλύπτουν τις κατασκευές, επισκευές και συντηρήσεις σκαφών
7) θα επηρεαστούν αρνητικά περίπου 120 παραπλήσια και υποστηρικτικά επαγγέλματα που απασχολούν επιπροσθέτως πολλές χιλιάδες εργαζομένους
8) θα υπάρξει μεγάλη μείωση στο ΦΠΑ των ναύλων που σήμερα εισπράττεται, διότι τα σκάφη θα είναι μόνο διερχόμενα, αφού θα ελλιμενίζονται εκτός Ελλάδος
9) θα απωλεσθεί η εισαγωγή «συναλλάγματος» που εισπράττεται από τις ναυλώσεις και συνεισφέρει στο ισοζύγιο πληρωμών
10) θα μειωθούν δραματικά τα έσοδα από τις δαπάνες που κάνουν οι ναυλωτές των σκαφών και τα χρήματα που ξοδεύουν στην χώρα
11) θα χαθεί η «πρεσβευτική παρουσία» της Ελληνικής σημαίας στα ακριτικά μας νησιά (Αγαθονήσι, Καστελλόριζο, Γαύδος , και άλλα)
12) θα μειωθεί δραματικά η οικονομική συνεισφορά των σκαφών σε συγκεκριμένες Περιφέρειες, όπου ήδη ελλιμενίζονται σε τουριστικούς λιμένες και μαρίνες.
Κατά την εκτίμηση των επαγγελματιών και των φορέων τους, και σύμφωνα και με διάφορες μελέτες, ο κλάδος περιλαμβάνει 5280 σκάφη με Ελληνική επαγγελματική άδεια, απασχολεί περισσότερους από 4500 Έλληνες ναυτικούς (αξιωματικοί, υπαξιωματικοί και πληρώματα), επηρεάζει περισσότερα από 120 επαγγέλματα, και υπολογίζεται ότι συνεισφέρει σημαντικά στο ΑΕΠ της ελληνικής Οικονομίας.
Οι φορείς που συμμετείχαν στην συνεδρίαση καλούν τον Πρωθυπουργό και τα μέλη της κυβέρνησης «να αντιληφθούν τις αναμενόμενες δραματικές εξελίξεις στις δραστηριότητες του κλάδου, και ζητούν να ανακληθεί η ΚΥΑ άμεσα και να κληθούν για σχετικές διαβουλεύσεις.»
Να αποσυρθεί η ΚΥΑ είχε ζητήσει πρόσφατα και ο τομεάρχης Ναυτιλίας, βουλευτής και έως πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας κ. Γιάννης Πλακιωτάκης ο οποίος είχε πει η «η υιοθέτηση μιας τέτοιας Υπουργικής Απόφασης, θα οδηγήσει σε ποσοστό 95% τα επαγγελματικά πλοία αναψυχής να εξαιρούνται πλέον των σχετικών απαλλαγών (απαλλαγή ΦΠΑ στην αγορά/ναυπήγηση/επισκευή του πλοίου, απαλλαγή ΦΠΑ στην προμήθεια υλικών και αντικειμένων), με αποτέλεσμα να υποχρεωθούν να καταβάλλουν τόσο τον ΦΠΑ επί της αξίας του σκάφους, για τον οποίο τυχόν έχουν ήδη απαλλαγεί, όσο και να καταβάλλουν επιπλέον ΦΠΑ και φόρους στην προμήθεια των καυσίμων, υλικών και ανταλλακτικών που αφορούν το πλοίο κτλ. Κατά συνέπεια, όλες οι σχετικές υπηρεσίες (προμήθεια υλικών, ανταλλακτικών, αναλώσιμων, προμηθειών, καυσίμων, ναυπήγηση, επισκευές κλπ.), θα πάψουν να προέρχονται από τις αντίστοιχες Ελληνικές επιχειρήσεις. Άρα, το πλήγμα δεν είναι μόνο προς την ίδια την επαγγελματική δραστηριότητα της ναύλωσης επαγγελματικών πλοίων (με ότι αυτή συνεπάγεται π.χ. απολύσεις πληρωμάτων, απώλεια εσόδων μαρινών, έσοδα ΝΑΤ, ΝΕΕ, ΦΠΑ, φόρων κλπ.), αλλά τόσο προς τον Τουρισμό όσο και προς το τοπικό Εμπόριο και την Οικονομία».